刚逃到那曲的格鲁派僧侣很快见到董一奎率领的一万汉军杀来，得知中原已经改朝换代，天汉在去岁取代了大明，天汉军队已经攻入乌斯藏，一众格鲁派僧侣忙表明愿归顺天汉朝廷，请求汉军出兵帮助击败藏巴汗大军。
董一奎欣然答应，在那曲城留下一千大军驻守，率九千人马朝着当雄杀来，与马千乘两路大军南北夹攻彭措南嘉三千余残兵败将，一举歼灭彭措南嘉残兵败将。
格鲁派僧侣得以重回拉萨各寺，但被取消拥有僧兵，各寺只保留最多一百名护卫，军权被没收，只保留部分参政权，格鲁派首领需得到天汉朝廷册封才算合法，格鲁派僧侣只得接受，称雄乌斯藏对抗汉军的藏巴汗父子都被杀死了，整个乌斯藏已被汉军控制。
木旺进攻古格王国受阻，皆因粮草辎重难以为继，刘綎随后组织率一万大军及八千余百姓赶着两万余头牦牛运送大量粮草辎重赶往西北前线，刘綎亲自带兵进攻古格王国，令占率飞天营参战，一举攻破古格王国都城杂布兰（札布让），随即沿着象泉河出兵攻下底毕宗。
刘綎出兵北上攻下日托（日土）宗，稍作休整补给，率兵西进攻打拉达克王国都城列城，一举攻破列城，杀死达拉克国王，木旺率五千大军攻占达拉克西部的色加尔宗城堡，彻底征服拉达克一带，将整个乌斯藏纳入天汉朝廷直接统管之下。
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