不过对权力的争夺并没有结束，反对派的幕僚们开始建设自己的军队，对自己的领地进行实际上的控制，高句丽处于了内忧外患之中，此后高句丽又遭受了北方游牧民族的袭击。内部的幕僚争夺也依然继续。到了公元551年，百济和新罗为摆脱被高句丽奴役的地位而开始联合攻打高句丽。
最终高句丽丢失了朝鲜半岛中部具有重要战略意义的肥沃的汉江流域，百济新罗联盟的主战者百济在对高句丽的战争也几乎精疲力尽。
公元553年，新罗以帮百济的名义出兵。但却对百济发动了攻势，最后将整个汉江流域全部纳入囊中。怒于新罗的背叛，百济圣王第二年攻新罗西部以报复，但被新罗擒住，后被处死。
朝鲜半岛中部的战争，对朝鲜半岛的格局产生了深远的影响。新罗对百济的攻击使百济成了朝鲜半岛的最弱者。新罗由于霸占到了人口众多，富裕的汉江流域，给其日后扩张打下良好基础。
相反，高句丽却因丢失汉江流域而国力大减。另外新罗获得汉江流域后，疆域到达黄海，使其可以和中原王朝直接贸易和建立外交。这样新罗就不再依赖高句丽，而是直接从中原王朝学到先进的文化与技术。
公元589年，隋灭南陈统一中国后，开始要求周边国家为其臣属，并得到了其中大多数国家的认可，只有高句丽对此阳奉阴违。
同年，高句丽先发制人攻占辽西，引发第一次高句丽与隋的战争。当隋文帝准备兴全中原之兵问罪时，高句丽王忙上表谢罪，自称“辽东粪土臣元”，于是得到赦免。
但是高句丽仍旧四处联结反隋势力，当隋炀帝在突厥可汗处发现高句丽的使臣后，开始认识到高句丽是中原潜在的边患，战争随即爆发。
公元612年，隋朝的百万大军从陆路和海上攻打高句丽，一路破城四五十余座，后来由于隋军前线将领的指挥不当，造成渡过辽河进攻的30万大军几乎全军覆没。
公元613年隋炀帝亲征高句丽，但因杨玄感的反叛，造成此次战役取消。
公元614年隋炀帝再次亲征高句丽，因为高句丽连年战事造成国内弊端甚多，而且兵力严重不足，高元闻隋大军已突破重重防线，高元大惧，乃遣使请降谢罪，并交还叛逃的隋将斛斯政，隋炀帝许之，遂班师回朝。
公元615年隋炀帝又打算攻高句丽，但由于隋内乱加剧，攻高句丽的计划被取消，也因为对高句丽的战争，使隋朝国力锐减，并引发民变。公元618年，隋朝灭亡。不过隋与高句丽的战争，也严重的消弱了高句丽的国力，阻止了其泛滥崛起的势头。
就这么一个小小的边塞蛮夷，居然也狂妄的向中原王朝不断的挑衅，胜了就狂妄无边，败了就屈膝请降，这么一个无耻之极的民族，居然也蹦蹦哒哒的延续了数百年，也真是历史的讽刺。
高句丽的终结，便是在大唐年间，最早贞观朝末期，太宗打着“为中国报子弟之仇”的旗号，于贞观十七年大举讨伐高句丽。
起因便是新罗遣使入朝，述说百济攻占其四十余城，并与高句丽图谋断绝其与大唐的通路。太宗派人出使高句丽，命其停止争战，遭高句丽权臣，莫离支泉盖苏文的言辞拒绝，唐太宗遂决定发兵东征高句丽。
次年十一月，诏命刑部尚书张亮为平壤道行军大总管，太子詹事、左卫率李绩为辽东道行军大总管，率水陆大军分道进击高句丽。
十九年二月，太宗率六军从洛阳出发，御驾亲征。张亮率水军渡海袭占卑沙城，李绩军攻克辽东重镇辽东城，斩俘两万余人。
六月，唐军进至安市城，高句丽北部耨萨高延寿、高惠真率15万大军前来救援，被太宗击败，余众归降，高句丽举国震恐。
七月，唐军开始围攻安市城。由于守军殊死抵抗，使唐军至九月仍未攻克。时近深秋，草枯水冻，士马难以久留，太宗被迫于九月十八日班师还朝，没有达到征占高句丽的预期目的。
然此次太宗征讨高句丽，攻占辽东等十城，获七万余户，斩杀高丽兵四万余人，唐军阵亡仅数千人，然战马损失却十之七八。
太宗回朝后，群臣建议对高句丽派偏师进袭骚扰，使其国人疲于应付，耽误农时，几年后即可使高句丽因粮荒而土崩瓦解，太宗采取了这一建议。
以后，唐军采取了对高句丽发动骚扰性攻击的策略，公元647，太宗命牛进达和李绩率军从水陆两路进扰高句丽，拔石城，高句丽王遣其子高任武入唐谢罪。
公元648年，太宗派右武卫大将军薛万彻率三万大军乘楼船渡海，入鸭绿江，于泊灼城大败高句丽军。
公元655年，因高句丽与百济、靺鞨联兵入侵新罗，新罗王金春秋遣使向唐求救，高宗命营州都督程名振和左卫中郎将苏定方率兵击高丽。
公元658年，程名振攻克高句丽赤烽镇，斩首3000级。
公元659年，唐右领军中郎将薛仁贵在横山大败高丽军。
公元660年，唐灭百济，高句丽失去盟国，陷入孤立境地。
次年，高宗下令对高句丽发动大规模进攻，发三十五万大军，水陆分道并进。苏定方在坝江击败高句丽军，屡战屡胜，进围平壤。
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