永久占领和管理巴达维亚城耗费了荷兰人的巨资和精力。初期，该地人口稀少，缺乏粮食供应，没有木材建造船舶和房屋，周边地区是荒凉的沼泽地，罕见村庄人烟，雨季洪水泛滥成灾，还常有老虎、野猪、犀牛等出没，同时四周也面临当地***王国的敌视和威胁。
荷兰人从印度科罗曼德尔海岸的石场运来巨石，从东爪哇的扎巴拉砍得柚木，从当地采集珊瑚石，并从大明招募来大批可靠又吃苦耐劳的华工，在废墟上建立起巴城的雏形。巴城的主要建设工程，如运河与排水道的挖掘、房屋和港湾的建造、城墙及防护要塞的修筑大多由大明人承包兴建。华工熟谙制砖和砌砖工艺，令荷兰人甚为称道。
为了充实人口，荷兰东印度公司开始大量招揽大明人。在西方殖民者眼里，大明人以“勤勉”、“爱好和平”、生性“懦弱”而着称。因此，荷兰总督用高额工资招引万丹的大明人，而且对移居到巴达维亚的华商课以轻税，并奖励华侨招引同乡来巴城。当然也采取了一些不体面的手段，比如在大明沿海地区绑架“移民”。
这一政策极为成功，大明来的大帆船运来了大量大明移民，大明人一旦获得能够自立的资产，便在巴城安家落户，并与被送到这里做奴隶的巴厘女子通婚。华侨人口不断增长，而在巴城内的华侨多数从事商业活动，从流动小贩到固定摊贩，到零售商和批发商，形成了完整的商业网。
荷兰总督昆也如同西班牙人一样，即把一切零售商业包括沿海贸易承包权交由华人甲必丹（首领）负责。他试图采取“以华治华”的政策，通过任命华人甲必丹，对华侨社会进行控制和间接统治。前年10月，科恩总督任命他的密友苏鸣岗为甲必丹。
甲必丹被认为是华侨在荷兰总督府里的利益维护人和联系官方事务的中介人。每个华侨需按月到甲必丹府第交纳人头税，并至少每年报到一次，在这二三十年，华侨支付的人头税占荷兰东印度公司在城市征集的人口税和其他税收所得总和的一半以上。在巴城当局对赌博、零售业、货物进出口、木偶戏等行业所征收的21个税项中，华侨承包了其中的17个。
荷兰人所在的爪哇岛，才是大明移民的首选，他们源源不断为荷兰人提供劳力，李旦是以前西班牙人在马尼拉的甲必丹，他深知非我族类，其心必异的道理，现在深恨华工少，恨不得去多抢一些来，一旦华工多了，威摄到他们的地位了，他们就会拿出屠刀了。
这一点许多华人也知道，自从吕宋成立后，荷兰不是首选，更多的人涌向吕宋，在大明官方和民间的大力宣传之下，新移民只会选择吕宋。
像米柱他们弄来的战俘，战争中拐来的人口，只会往宝岛和吕宋走，不可能往南，去马六甲、柔佛、爪哇、三佛齐这些地方。
大明当局这么干，加大了荷兰人、葡萄牙人的嫉恨，他们认为这是大明在暗中指使，大明这庞然大物开始将魔爪往南洋伸。
荷兰人第二任东印度总督燕·彼德尔斯逊·昆就非常不安。
西班牙人占据菲律宾、荷兰人占东印度(印尼)，葡萄牙人占马六甲，呈三足鼎立之势，并各自在其区域内扩张发展，现在大明插一脚进来，这是什么意思？大明人，他们一旦大举南进，那里有白人立足之地？现在移民不来，这就是明证。
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