后来的西方人就经常发现，敌对王公的都城也可能在一夜间消失，便于拆卸的木质房屋，也可以被分开搬走，换一个地方再竖立新城。
但随着时间的推移，一些非常重要的城市或据点，就成为了土著王公们所无法割舍的宝地。马六甲城就是这样一个让所有人魂牵梦绕的地方。
在三佛齐统治者的大力经营和明朝官方的保护支持下，马六甲本身成为了控制东西方海上要道的最佳节点。
1511年，但默罕默德沙阿遭遇葡萄牙舰队的进攻时，他也没有想过要将城市整个搬走。只是因为战败来的过于迅速，让他不得不选择弃城出逃，马六甲苏丹国也就失去了自己的核心区域。
从次年开始，默罕默德做出了一系列夺回首都的尝试。首先是在外交上，寻求宗主国明朝的保护。但早已失去出海能力的明军水师，并不具备帮助自己小弟的实力。其次，马六甲军队在1513年也发起了一次反扑，却因为不善于打攻城战而宣告失败。最后，默罕默德只能在海峡两岸的各领地内奔走，建立一个貌似已经去中心化的战略网络。
马六甲的失守是马六甲苏丹国的重大损失，在马六甲城所在的马来亚半岛，苏丹国首府被搬到了距离旧都不远的柔佛。
那里部署的军队，可以随时南下进攻葡萄牙人的堡垒。在海峡以南的苏门答腊，默罕默德又建立了自己的大后方基地--坎帕。当地以家族发源地旧港为出海口，可以在马六甲海峡南部形成控制力量。
但海峡两岸的领地，还是需要一个战略支点做连接，苏丹选了位于马六甲海峡与巽他海峡之间的宾坦岛。他不仅在一座小岛上建立了宫殿，还努力将其变为一个大兵营，就连用于招兵买马的大量钱财，也放置于岛上的府库内。
理论上，默罕默德的布局是非常精妙的。葡萄牙人从马六甲出发，沿途都可能遭到马来战船的袭击，去往马鲁古群岛的航线，变得非常危险而不稳定。马来人则在外围呈现一种封锁格局，并不担心自己的两翼领地受到打击。但宾坦岛却在实际上又成为了苏丹权势的中心，并被苦于破局的葡萄牙人所注意起来。
1526年，葡萄牙人决心占据位置要紧的宾坦岛。这个素以出产海盗而闻名的地方，已经逐渐被认为是马六甲苏丹的最重要领地。只有控制岛屿，葡萄牙人才能牢牢控制贸易线路，并将对手彻底截成两半。
葡萄牙人再次出兵，攻占了此地，随着守军的溃败，葡萄牙人的宾坦岛之战也以胜利告终。整个战役中，他们仅仅损失了十多人。但他们还是没有在当地停留多久，匮乏的人力让原本建造堡垒据守的计划也不了了之。
胜利者只能带着从城里缴获的大量财产和战利品，原路返回马六甲城。临走前，他们将数千人的敌军尸体连同城市本身一起烧毁。这样也确保当地在短时间内无法被人再次利用。因为他们在清点收缴的武器时发现，这个小小的岛屿上竟有二千门各类枪炮，可见马六甲和南洋地区的武器供应水平是非常可观的。
至于在最后时刻逃跑的默罕默德，则在北面的马来亚半岛寻求庇护。由于宾坦岛战役的失败，他损失了大量的金钱、军队和重建起来的威望，他的儿子们已在封地形成各自势力，只等父亲的去世，便可独立成邦。
一从一点来说，宾坦岛对于马六甲苏丹国的打击是不亚于1511年的都城陷落。默罕默德也就成为了马六甲苏丹国历史上的末代君主。尽管可以携城逃跑的传统还在，却架不住南洋各国越来越依仗中心的趋势。
失去资金与威望的苏丹只能看着自己的权力迅速丧失。
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