杨玉科联络当地的团练武装，采取声东击西的手法，于1868年3月相继袭占了大姚县的苴却（今永仁县城）、元谋等地，4月又占领了武定、禄劝。5月驻守罗次的叛军征南大将军张遇泰不战而降，随后杨玉科率清军向富民进攻。
杨玉科部的迂回行动，威胁着叛军的后路。为了改变这种不利局面，叛军首领杜文秀急派大司卫姚得胜等率军数万由大理东援。
6月中叛军由大姚、禄丰、富民三路齐进，分攻元谋、罗次、武定。杨玉科在富民连吃败仗，只好收缩兵力退守罗次。
驻守富民城的大司衡杨荣率叛军尾追清军，与禄丰叛军一起进攻罗次城，清军接连战败杨玉科又被迫率部退守武定。
叛军在占领元谋、罗次之后，立即集中兵力于武定方向，迫使云南布政使岑毓英再次派兵前往增援。
杨玉科在武定修筑土城碉楼，妄图扼险顽抗。叛军以湿木柴堆积成比城楼还高的柴楼，上面架设枪炮，轰击城内清军。柴楼遭清军破坏叛军又挖掘地道，埋设地雷炸城，终于在11月1日占领了武定州城和禄劝县城。
……
1868年3月当滇西十万叛军进至昆明城郊时，马如龙部将杨先芝、马天顺、马文成等率部倒戈响应，随即东进占领了寻甸和嵩明州城。
寻甸、嵩明是昆明东北的门户，战略地位极其重要。寻甸、嵩明叛军与围攻昆明的叛军互相呼应、配合，对清军威胁甚大。
当时，云南巡抚刘岳昭所部湘军仍在贵州，仅总兵李家福率领的少数先遣部队到达曲靖，云南布政使岑毓英则在昆明城下与叛军激战，均无力顾及寻甸、嵩明两地，只能眼睁正放任叛军施为。
巡抚刘岳昭于5月7日，率军到达曲靖后，经过三个多月的准备，于8月开始督率所部湘军和新募黔勇二万余人，向寻甸进攻。
总兵李家福率部自马龙进，总兵谢景春率部自沾益进，总兵全祖凯率部自功山进。三路分进合击寻甸。
8月9日，李家福部占领了寻甸东北的七星桥。接着谢景春、全祖凯等部也相继夺占了清水沟、金所等要隘。清军扎营于近城的文笔山、凤凰山、望城坡等处，用大炮不断地向叛军营寨轰击。
叛军固守城内顽强抵抗，清军一时久攻不下。12月四川候补道刘岳曙（刘岳昭之弟）率领湘军二千八百名，由贵州到达云南赶至寻甸增援但仍无进展。
叛军大司卫姚得胜、大司衡杨荣于攻占武定之后，即转旗东向，于1869年1月21日占领果马，进至寻甸城下。
1月30日夜晚，叛军突袭望城坡清军，清军大营中大火突起，全祖凯部四处逃散。次日黎明总兵谢景春部仓皇撤退，副将贺连璧也弃营逃窜，叛军乘胜占领七星桥、草坝等地。
2月1日叛军向文笔山清军大营发起攻击，清军纷纷败退，逃往曲靖、马龙、沾益等地，寻甸随之解围。
寻甸一战，回民叛军重创了云南巡抚刘岳昭部清军。刘岳昭哀叹：“诸军精锐大半损折，势难裹创复战”。云南布政使岑毓英也承认：“此次寻甸失利，……全局几至动摇”。
随着清军援军不断赶来，与围困昆明的十万叛军不断交战，双方互有胜负看似叛军还占了一些优势，实则情况对叛军方面十分不利。
经过与清军援军不断交战，围城叛军已失了初起之时气势如虹的锐气，随着战斗规模与清军数量的不断增加，局势逐渐偏向云南清军方面倾斜……
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